كتب و تأليفات شيخ شيخ داراى كتب و تأليفات بسيارى در رشته‌هاى مختلف ادبى و علوم مختلف شرعى و عقلى بوده است ، كه حدود 70 مجلد آن در كتاب فهرست خود او نام برده شده ، و علاوه بر آن كتب بسيارى از او نام برده‌اند . از كتب بسيار مشهور او كه در فهرست نام برده شده يكى تبيان است در تفسير قرآن كريم و رساله‌هائى در تفسير بعضى از آيات نيز دارد . فهرست كتب الشيعه ، و اخبار الرجال در علم رجال حديث و مصنفان و كتب آنان نوشته شده است . تهذيب و استبصار ، مفصل‌ترين كتاب او در جمع‌آورى احاديث است . در فقه متجاوز از 42 كتاب و رساله نام برده شده كه مهمترين آنها كتاب مبسوط مشتمل بر 81 كتاب است و كتاب نهايه و كتاب ديگر فقهى مشهور و عمدهء او ، ما يعلل و ما لا يعلل با مقدمه‌اى در علم كلام است . چند كتاب در علم اصول فقه نام برده شده كه مشهور آنها كتاب العدة الاصول است . چندين كتاب در علم كلام ذكر شده ، كه مهمترين آنها ، شرح جمل العلم و شرح بر شرح جمل العلم است ، كه در فهرست به عنوان كتاب كبير فى الكلام فى التوحيد و شىء فى العدل است و ظاهرا مقصود از آن همان شرح الشرح باشد ، كه در اول شرح جمل العلم وعدهء نوشتن آن را داده است ، و صاحب روضات به نقل از يك شاگردش مىنويسد ، اين كتاب ناتمام ماند زيرا شيخ درگذشت . چندين كتاب در ادعيه روزانه و ماهانه نوشته است ، كه عمده‌ترين آنها مصباح المتهجدين و هدايت المسترشد است . دو كتاب در بخشى از تاريخ اسلام دارد كه يكى مختصر اخبار مختار بن ابى عبيده و ديگر مقل الحسين عليه السلام است علاوه بر آن چند كتاب ديگر از او در روضات به اين عنوان ذكر شده كه در فهرست نيامده است .